Analiz, Hizmet, Laboratuvar, Atölye ve ARGE'de en iyisi.
Çünkü, sizinle çalışıyoruz....
TEKNİK ŞARTNAME
Çalışmanın DNA izolasyon aşaması esnasında canlı olarak çalışma takip edilebilecektir.
İzolasyon için gerekli kitler ve tüm sarf malzeme firmaya aittir.
Çalışmada firmaya verilecek 25mg x 2 numunenin biri ile çalışma bilrikte yapılacak diğeri çalışma sonuna kadar bekletilecektir. Herhangi bir olumsuz durumda diğer doku grubu ile çalışma tekrarlanacaktır ve tüm masraflar firmaya ait olacaktır.
Firma tarafından izolasyonun herhangi bir aşamasına araştırmacıların dahil edilebilmesi ve araştırmacılar tarafından da izolasyonun sağlanabilmesi mümkün kılınmalıdır.
Çalışma 9 adet ve 2 tekerrür DNA izolasyonu için gerçeklidir.
Firmanın izolasyon sonrasında saflık, konsantrasyon ölçümlerini nanospektrofotometre ile ölçümünü gerçekleştirmesi ve bu işlemlerinde canlı izlenebilir halde olması gerekmektedir.
Ürünlerin uygunluğuna laboratuvarımızda denendikten sonra karar verilecektir.
Çalışmanın bütünlüğü için teklif verecek firma tüm kalemlere birden teklif vermelidir.
Teklif veren firma çalışmayan ürünlerin yenisiyle değiştirmelidir.
Teklif veren firma her ürün için bir deneme gerçekleştirecektir.
Teklif veren firma yerinde aplikasyon desteği sağlamalıdır.
Teklif veren firmaların önceden kullanıcıyla iletişime geçmesi gerekmektedir.
Kullanıcı tarafından onaylanmayan ürünler satın alınmayacaktır.
Hizmet alımı süresince tüm meydana gelebilecek kargo gönderimleri ve ödemeleri Türkiye’nin tüm illerinde firma tarafından gönderimleri sağlanmalıdır.
Teklif veren firmalar teknik şartnameyi kaşeleyip imzaladıktan sonra tüm şartları kabul ettiklerini belirtir cümle yazmalıdırlar.
NGS cihazı ile çalışmanın gerçekleştirilmesi araştırmacıların katılımı ile canlı olarak gerçekleştirilecektir.
Toplam genomik DNA'dan hedeflenen amplifikasyon, spesifik rDNA primerleri kullanılarak metabarkodlama kitaplığı yapısı, eşmolar havuzlama, MiSeq yüksek verimli dizileme (Illumina, San Diego, CA, ABD) ve çift uçlu okumalar gerçekleştirilecektir.
Mikrobiata analizi 9 adet ve 2 tekerrür örnek için hizmet alımı şeklinde gerçekleştirilecektir.
Örnekler mikrobiyal kompozisyonun değişmeyeceği standartlarda muhafaza edilmelidir.
İzole gDNA örneklerinin miktarı florometrik olarak Qubit veya Qiaxpert ile ölçülmelidir.
Genomik DNA örneklerinden 16S V3-V4 bölgesi üniversal primerler kullanılarak amplifiye edilmelidir.
Dizileme işlemi yeni nesil dizileme platformu kullanılarak yapılmalıdır.
Kütüphane hazırlanması ve dizileme (Library Preparation + Sequencing) PairedEnd PE 2x150 baz olacak şekilde yapılmalıdır.
Örnek başına en az 30 bin (30K reads/sample) dizi okuması yapılmalıdır.
Okuma sonuçlarının en az %90’nın kalite skoru Q ≥ 30 olmalıdır.
Dizi okumaları sonucunda istenilen bölgenin dizilenememesi durumunda firma yeni primerler tasarlayarak PCR işlemlerini tekrar ederek dizilemeleri tekrar gerçekleştirmek zorundadır.
Biyoinformatik analizler firma tarafında gerçekleştirilmelidir.
Biyoinformatik analizler güvenilirliği yüksek ticari yazılımlar ile yapılmalıdır.
Her bir örneğe ait OTU sınıfları ayrı ayrı .txt/.excel dosyası olarak verilmeli, rarefaction curve, diversity curve ve PCoA plot analizleri yapılmalı ve örneklere ait OTU dağılımlar pie chart grafiği olarak verilmelidir.
Analiz sonuçları rapor halinde sunulmalıdır.
Diğer istenilen analizler için her türlü yardım sağlanmalıdır.
Çalışmanın bütünlüğü için teklif verecek firma tüm kalemlere birden teklif vermelidir.
Teklif veren firma çalışmayan ürünlerin yenisiyle değiştirmelidir.
Teklif veren firma bir ürünün denem çalışmasını yapmayı taahhüt etmiş sayılacaktır.
Teklif veren firma yerinde aplikasyon desteği sağlamalıdır.
Teklif veren firmaların önceden kullanıcıyla iletişime geçmesi gerekmektedir. Kullanıcı tarafından onaylanmayan ürünler satın alınmayacaktır.
Hizmet alımı süresince tüm meydana gelebilecek kargo gönderimleri ve ödemeleri Türkiye’nin tüm illerinde firma tarafından gönderimleri sağlanmalıdır.
Teklif veren firmalar teknik şartnameyi kaşeleyip imzaladıktan sonra tüm şartları kabul ettiklerini belirtir cümle yazmalıdırlar.
Biyoinformatik Analiz Hizmet Alımı
Biyoinformatik analizler neticesinde aşağıda belirtilen sonuçlar firma tarafından hazırlanıp düzenlenip gönderilecektir; Heatmap for the Relation among samples, Venn Figures for Gene Number among samples, Gene Number & Abundance Clustering Heatmap in genus level, Anosim Analysis at Phylum Level, Linear Discriminant Analysis (LDA) & Cladogram, Evolutionary Genealogy of Genes: Non-supervised Orthologous Groups (eggNOG) Annotation, PCA & NMDS Analysis Results based on relative abundance of gene functions,
Comparison Plot for Metabolic Pathway of multi-samples, Total Bacterial load acount bar graphic (her bakteri türü için ayrı grafik verilecektir)
Grafikler tür bazında verilecektir.
Ürünlerin uygunluğuna laboratuvarımızda denendikten sonra karar verilecektir.
Çalışmanın bütünlüğü için teklif verecek firma tüm kalemlere birden teklif vermelidir.
Teklif veren firma çalışmayan ürünlerin yenisiyle değiştirmelidir.
Teklif veren firma her ürün için deneme ürünü vermelidir.
Teklif veren firma yerinde aplikasyon desteği sağlamalıdır.
Teklif veren firmaların önceden kullanıcıyla iletişime geçmesi gerekmektedir.
Kullanıcı tarafından onaylanmayan ürünler satın alınmayacaktır.
Hizmet alımı süresince tüm meydana gelebilecek kargo gönderimleri ve ödemeleri Türkiye’nin tüm illerinde firma tarafından gönderimleri sağlanmalıdır.
Teklif veren firma laboratuvar analizini birlikte yapmayı kabul etmiş sayılacaktır.
Teklif veren firmalar teknik şartnameyi kaşeleyip imzaladıktan sonra tüm şartları kabul ettiklerini belirtir cümle yazmalıdırlar.
