Analiz, Hizmet, Laboratuvar, Atölye ve ARGE'de en iyisi.
Çünkü, sizinle çalışıyoruz....
RNA İzolasyon Kiti
100 örneklik olmalıdır.
Ürün otomatik izolasyon için uyumlu olmalıdır.
Firma ürün veya malzemenin örnek çalışmada kullanılması bakımından laboratuvar imkânı sunması gerekirse bu imkânı sağlamalıdır.
Ürün ve malzemeler ile varsa hizmet kalemlerinde firmalar ihalenin tüm aşamalarını yapacak şekilde fiyat vermesi gerekmektedir.
Firmalar proje yürütücüsü ile malzeme alımı ve analiz aşamasında iletişime geçmek zorundadır.
Firmalar örnek numune veya örnek kullanım için ürün ve kullanılacak malzemeyi teste sunmalıdır.
Teklif veren veya bayisi olan firma malzeme için en geç 2 hafta içerisinde hizmet alımı için en fazla 3 hafta içinde teslimi gerçekleştirmelidir. Bu süreyi aşan firmalara yasal süreç için yazışma başlatılacaktır.
Teklif veren veya bayisi olan firma siparişi takiben hizmet alımına başlamadan önce bir örnek için sonuç denemesi yapıp proje yürütücüsüne bildirmelidir.
Teklif veren veya bayisi olan firma çalışma ile ilgili doğabilecek tüm kargo işlemlerini üstlenmelidir.
Teknik şartnamede firma onayı bölümünü fiyat veren firmalar kaşeli imzalı sunmak zorundadır.
Teklif veren veya bayisi olan firma ürün-malzeme veya hizmeti sağlamak için ISO 9001 kalite yönetim sistemi sertifikasına sahip olmalıdır ve teklifte bunu resmi olarak beyan etmelidir.
Teklif veren veya bayisi olan firma ISO 13485 moleküler malzeme ve kit – medikal ürün geliştirebilme sertifikasına sahip olmalıdır ve teklifte bunu resmi olarak beyan etmelidir.
Teklif veren veya bayisi olan firma 14001 sertifikasına sahip olmalıdır ve teklifte bunu resmi olarak beyan etmelidir.
Hizmet alımlarında firma satın alacağı ve/ya temin ettiği çalışmada kullanılacak tüm malzemelerin kullanımı için yetkili olmalıdır.
Hizmet alımlarında firma, Çalışmada kullanılacak malzemelerin markalarının kullanım yetkilisi olmalıdır.
Hizmet alımlarında laboratuvar aşamasının herhangi bir kısmına proje yürütücüsü ve öğrencileri dahil olabilmelidir.
Hizmet alımlarında proje ekibi firmaya ait laboratuvarı kendileri kullanabilmelidir ve bu ihalede resmi beyan ile sunulmalıdır.
cDNA Sentez Kiti
Kit 200 reaksiyon miktarında olmalıdır.
Kiti tek tüp içerisinde kullanıma hazır olmalıdır.
Her bir kullanıma hazır olan tüp 50 reaksiyonluk olmalıdır.
Kit, yüksek kaliteli cDNA sentezi için tasarlanmış olmalıdır.
mRNA, toplam RNA veya viral RNA’dan cDNA sentezleyebilmelidir.
Tüm RT-qPCR (ters transkripsiyon ve kantitatif PCR) uygulamaları ve gen ekspresyon analizlerinde kullanılabilir olmalıdır.
Kit, özellikle düşük miktarda ve/veya düşük kaliteli RNA örneklerinden yüksek verimle cDNA üretimini sağlamalıdır.
Ek bir malzemeye gerek olmaksızın kitin içeriğinde reaksiyon için tüm bileşenler olmalıdır.
Kit bileşenleri ; Reverse Transcriptase (200 U/µl) 10X RTase reaction buffer 0.1 M DTT, 10 mM dNTPs mix, RNase Inhibitor (40 U/µl), Oligo (dT)20 (50 µM) Random hexamer (50 ng/µl) Nuclease free water olmalıdır.
Son derece hassas ve verimli olmalıdır.
İçerisinden çıkan Oligo (dT)20 ve Random hexamer ile çalışabileceği gibi gen spesifik primerlerle çalışmaya uygun dizayn edilmiş olması gerekir.
Enzim, çift ipliği 65 °C’ye kadar stabil olarak korumalıdır.
-20°C’de 1 yıl saklanabilmelidir.
Siparişe istinaden 1 hafta içinde teslim edilmelidir.
Laboratuvarımızda önceden kullanılmış ve olumlu netice alan ürünler tercih nedeni
olacaktır.
Firma ürün veya malzemenin örnek çalışmada kullanılması bakımından laboratuvar imkânı sunması gerekirse bu imkânı sağlamalıdır.
Firmalar proje yürütücüsü ile malzeme alımı ve analiz aşamasında iletişime geçmek zorundadır.
Firmalar örnek numune veya örnek kullanım için ürün ve kullanılacak malzemeyi teste sunmalıdır.
Teklif veren veya bayisi olan firma malzeme için en geç 2 hafta içerisinde hizmet alımı için en fazla 3 hafta içinde teslimi gerçekleştirmelidir. Bu süreyi aşan firmalara yasal süreç için yazışma başlatılacaktır.
Teklif veren veya bayisi olan firma siparişi takiben hizmet alımına başlamadan önce bir örnek için sonuç denemesi yapıp proje yürütücüsüne bildirmelidir.
Teklif veren veya bayisi olan firma çalışma ile ilgili doğabilecek tüm kargo işlemlerini üstlenmelidir.
Teknik şartnamede firma onayı bölümünü fiyat veren firmalar kaşeli imzalı sunmak zorundadır.
Teklif veren veya bayisi olan firma ürün-malzeme veya hizmeti sağlamak için ISO 9001 kalite yönetim sistemi sertifikasına sahip olmalıdır ve teklifte bunu resmi olarak beyan etmelidir.
Teklif veren veya bayisi olan firma ISO 13485 moleküler malzeme ve kit – medikal ürün geliştirebilme sertifikasına sahip olmalıdır ve teklifte bunu resmi olarak beyan etmelidir.
Teklif veren veya bayisi olan firma 14001 sertifikasına sahip olmalıdır ve teklifte bunu resmi olarak beyan etmelidir.
qPCR Master Mix (0,5ml )
Ürün 1pg (cDNA) kadar düşük iz miktarı için yüksek hassasiyet göstermelidir.
0,5 ml’lik ambalajlarda olmalıdır.
Sadece araştırma amaçlı kullanılmalıdır, Diagnostik ve terapötik prosedürler için kullanıma uygun olmamalıdır.
Master mix; yüksek kaliteli antikor bağlı hot start PCR enzyme ile, PCR verimliliği, dinamik aralığı, hassasiyeti, spesifikliğinden ödün vermeden güçlü ve hızlı bir amplifikasyon aralığına sahip olmaktadır.
Master mix; spesifik olmayan amplifikasyonlarını ve primer dimer oluşumlarını en aza indirmeye çalışan bir mühendislik ile tasarlanmış olmalıdır.
qPCR master mix SYBR I floresans boya kullanan, kullanıma hazır Real Time master mix olarak, 1X konsantrasyonda bulunmalıdır.
qPCR Master mix; -20°C’de muhafaza edildiğinde 12 ay enzim aktivitesi stabilliğini koruyabilmelidir.
Kullanılan cihaza uygun olarak; ROX içermeyen, düşük ROX, yüksek ROX gibi seçenekleri bulunmalıdır. Gerekirse bu ürünler arasında değişim yapılabilmelidir.
Siparişe istinaden 1 hafta içinde teslim edilmelidir.
Laboratuvarımızda önceden kullanılmış ve olumlu netice alınan ürünler tercih nedeni olacaktır.
Firma ürün veya malzemenin örnek çalışmada kullanılması bakımından laboratuvar imkânı sunması gerekirse bu imkânı sağlamalıdır.
Firmalar proje yürütücüsü ile malzeme alımı ve analiz aşamasında iletişime geçmek zorundadır.
Firmalar örnek numune veya örnek kullanım için ürün ve kullanılacak malzemeyi teste sunmalıdır.
Teklif veren veya bayisi olan firma malzeme için en geç 2 hafta içerisinde hizmet alımı için en fazla 3 hafta içinde teslimi gerçekleştirmelidir. Bu süreyi aşan firmalara yasal süreç için yazışma başlatılacaktır.
Teklif veren veya bayisi olan firma siparişi takiben hizmet alımına başlamadan önce bir örnek için sonuç denemesi yapıp proje yürütücüsüne bildirmelidir.
Teklif veren veya bayisi olan firma çalışma ile ilgili doğabilecek tüm kargo işlemlerini üstlenmelidir.
Teknik şartnamede firma onayı bölümünü fiyat veren firmalar kaşeli imzalı sunmak zorundadır.
Teklif veren veya bayisi olan firma ürün-malzeme veya hizmeti sağlamak için ISO 9001 kalite yönetim sistemi sertifikasına sahip olmalıdır ve teklifte bunu resmi olarak beyan etmelidir.
Teklif veren veya bayisi olan firma ISO 13485 moleküler malzeme ve kit – medikal ürün geliştirebilme sertifikasına sahip olmalıdır ve teklifte bunu resmi olarak beyan etmelidir.
Teklif veren veya bayisi olan firma 14001 sertifikasına sahip olmalıdır ve teklifte bunu resmi olarak beyan etmelidir.
Hizmet alımlarında firma satın alacağı ve/ya temin ettiği çalışmada kullanılacak tüm malzemelerin kullanımı için yetkili olmalıdır.
Hizmet alımlarında firma, çalışmada kullanılacak malzemelerin markalarının kullanım yetkilisi olmalıdır.
Hizmet alımlarında laboratuvar aşamasının herhangi bir kısmına proje yürütücüsü ve öğrencileri dahil olabilmelidir.
0,2 ML Santrfüj Tüpü
Teklif edilen ürünleri tamamı moleküler biyoloji çalışmalarına uygun olmalıdır.
Ürünler Avrupa üretimli CE’li ve üretici firmanın IVD sertifikası olmalıdır.
Tüpler dnase rnase pyrogen içermeyen özellikte olmalıdır ve belgelendirebilinmelidir. Ürünler üzerinde bu özelliğini üretici firma tarafından basılı etiketler ile gösterilmelidir.
Ürün 30000 RPM ve en az 20000xG kuvvete dayanıklı olmalıdır.
Kapağı kaynatma, dondurma ve otoklavlama esnasında kolay açılmamalıdır.
Üzerine yazı yazılacak alan olmalıdır.
Taksimatlı olmalıdır.
Otoklavlanmalıdır.
Tüpler %100 virgin polypropylenden üretilmiş olmalıdır.
Kapakları kenarları yuvarlatılmış olmalıdır.
Tüm maddeler katalog üzerinden gösterilerek, ürünün uygunluğu verilmelidir.
Numune verilerek tüpler laboratuvarımızca denenmelidir, uygunluk verilen ürünler teklif edilmelidir.
Primer sentezi
Primerler 100 nmol olmalıdır.
Liyofilize formda teslim edilmelidir.
Her primer için ayrı kalite kontrol sertifikası olmalıdır.
Primerlerin baz dizilimleri daha sonra alımı yapacak olan firmaya iletilecektir.
Primer dizilimi iletildikten 7 iş günü içinde teslimi yapılmalıdır.
Firma ürün veya malzemenin örnek çalışmada kullanılması bakımından laboratuvar imkânı sunması gerekirse bu imkânı sağlamalıdır.
Ürün ve malzemeler ile varsa hizmet kalemlerinde firmalar ihalenin tüm aşamalarını yapacak şekilde fiyat vermesi gerekmektedir.
Firmalar proje yürütücüsü ile malzeme alımı ve analiz aşamasında iletişime geçmek zorundadır.
Firmalar örnek numune veya örnek kullanım için ürün ve kullanılacak malzemeyi teste sunmalıdır.
Teklif veren veya bayisi olan firma siparişi takiben hizmet alımına başlamadan önce bir örnek için sonuç denemesi yapıp proje yürütücüsüne bildirmelidir.
Teklif veren veya bayisi olan firma çalışma ile ilgili doğabilecek tüm kargo işlemlerini üstlenmelidir.
Teknik şartnamede firma onayı bölümünü fiyat veren firmalar kaşeli imzalı sunmak zorundadır.
Teklif veren veya bayisi olan firma ürün-malzeme veya hizmeti sağlamak için ISO 9001 kalite yönetim sistemi sertifikasına sahip olmalıdır ve teklifte bunu resmi olarak beyan etmelidir.
Teklif veren veya bayisi olan firma ISO 13485 moleküler malzeme ve kit – medikal ürün geliştirebilme sertifikasına sahip olmalıdır ve teklifte bunu resmi olarak beyan etmelidir.
Teklif veren veya bayisi olan firma 14001 sertifikasına sahip olmalıdır ve teklifte bunu resmi olarak beyan etmelidir.
Hizmet alımlarında firma satın alacağı ve/ya temin ettiği çalışmada kullanılacak tüm malzemelerin kullanımı için yetkili olmalıdır.
Hizmet alımlarında firma, Çalışmada kullanılacak malzemelerin markalarının kullanım yetkilisi olmalıdır.
Hizmet alımlarında laboratuvar aşamasının herhangi bir kısmına proje yürütücüsü ve öğrencileri dahil olabilmelidir.
Hizmet alımlarında proje ekibi firmaya ait laboratuvarı kendileri kullanabilmelidir ve bu ihalede resmi beyan ile sunulmalıdır.
çalışmada kullanılacak tüm malzemelerin kullanımı için yetkili olmalıdır.
Hizmet alımlarında firma, Çalışmada kullanılacak malzemelerin markalarının kullanım yetkilisi olmalıdır.
Otomatik Pipet Ucu (10 µl )
0,5-10 μl hacimli pipetlere uygun olmalıdır.
1000’lük poşetlerde olmalıdır.
Pipet uçları, kimyasallara ve sıcaklık değişimlerine yüksek dayanıklılık gösterecek şekilde saf polipropilenden üretilmiş olmalıdır.
Ürün, farklı pipet markaları ile tam uyumlu olmalı ve kolayca takılıp çıkarılabilir özellikte olmalıdır.
Pipet uçlarının boyut ve ölçüleri, farklı pipet modelleri ile optimum uyum sağlayacak şekilde tasarlanmış olmalıdır.
Pipet uçları, hassas ve tekrarlanabilir sıvı transferini garanti eden mükemmel bir boşaltma uç yapısına sahip olmalıdır.
İnce duvar yapısı ve minimal kaplama alanı sayesinde pipet uçlarında sıvı birikimi veya damla oluşumu olmamalıdır.
Pipet uçları, sıvının uç kısmında birikmesini engelleyen tasarıma sahip olmalıdır.
Pipet uçları, yüksek kaliteli saf polipropilenden imal edilmelidir.
Kimyasal dayanıklılığı ve termal stabilitesi yüksek olmalı, laboratuvar ortamında yaygın olarak kullanılan kimyasal maddelere karşı dayanıklılık göstermelidir.
Sıcaklık değişimlerinden etkilenmeyerek, performansını muhafaza etmelidir.
Ürün ve malzemeler ile varsa hizmet kalemlerinde firmalar ihalenin tüm aşamalarını yapacak şekilde fiyat vermesi gerekmektedir.
Pipet uçları, ISO 8655 veya eşdeğer kalite standartlarına uygun olmalıdır.
Ürün, uluslararası geçerliliği olan test sertifikaları ile birlikte sunulmalıdır.
Pipet uçları, steril veya steril edilebilir şekilde sunulmalıdır.
Ambalaj, kolay kullanım ve güvenli saklama imkânı sağlayacak şekilde tasarlanmalıdır.
Teklif veren firma veya bayisi, ISO 9001 kalite yönetim sistemi sertifikasına sahip olmalıdır ve bunu resmi olarak teklifte beyan etmelidir.
Firma, ISO 13485 moleküler malzeme, kit ve medikal ürün geliştirebilme sertifikasına sahip olmalıdır ve bu sertifika resmi olarak teklifte sunulmalıdır.
Firma, ISO 14001 çevre yönetim sistemi sertifikasına sahip olmalıdır ve bu sertifika resmi olarak beyan edilmelidir.
Teklif veren firma, ürünün teslimatı ve kargo işlemlerinden sorumlu olmalıdır.
Tüm nakliye ve teslimat maliyetleri teklif veren firma tarafından karşılanmalıdır.
Teklif veren firma veya bayisi, ürünün veya markanın yetkilisi olduğunu belgelendirmelidir.
Çalışmada kullanılacak malzemeler için gerekli tüm kullanım izinlerine sahip olmalıdır.
Teklif veren firma, teklifini kaşeli ve imzalı olarak sunmak zorundadır.
Firma, projede kullanılacak malzeme ve analiz aşamaları için proje yürütücüsü ile sürekli iletişimde olmalıdır.
Otomatik Pipet Ucu (200 µl )
10-200 μl hacimli pipetlere uygun olmalıdır.
1000’lük poşetlerde olmalıdır.
Pipet uçları, kimyasallara ve sıcaklık değişimlerine yüksek dayanıklılık gösterecek şekilde saf polipropilenden üretilmiş olmalıdır.
Ürün, farklı pipet markaları ile tam uyumlu olmalı ve kolayca takılıp çıkarılabilir özellikte olmalıdır.
Pipet uçlarının boyut ve ölçüleri, farklı pipet modelleri ile optimum uyum sağlayacak şekilde tasarlanmış olmalıdır.
Pipet uçları, hassas ve tekrarlanabilir sıvı transferini garanti eden mükemmel bir boşaltma uç yapısına sahip olmalıdır.
İnce duvar yapısı ve minimal kaplama alanı sayesinde pipet uçlarında sıvı birikimi veya damla oluşumu olmamalıdır.
Pipet uçları, sıvının uç kısmında birikmesini engelleyen tasarıma sahip olmalıdır.
Pipet uçları, yüksek kaliteli saf polipropilenden imal edilmelidir.
Kimyasal dayanıklılığı ve termal stabilitesi yüksek olmalı, laboratuvar ortamında yaygın olarak kullanılan kimyasal maddelere karşı dayanıklılık göstermelidir.
Sıcaklık değişimlerinden etkilenmeyerek, performansını muhafaza etmelidir.
Ürün ve malzemeler ile varsa hizmet kalemlerinde firmalar ihalenin tüm aşamalarını yapacak şekilde fiyat vermesi gerekmektedir.
Pipet uçları, ISO 8655 veya eşdeğer kalite standartlarına uygun olmalıdır.
Ürün, uluslararası geçerliliği olan test sertifikaları ile birlikte sunulmalıdır.
Pipet uçları, steril veya steril edilebilir şekilde sunulmalıdır.
Ambalaj, kolay kullanım ve güvenli saklama imkânı sağlayacak şekilde tasarlanmalıdır.
Teklif veren firma veya bayisi, ISO 9001 kalite yönetim sistemi sertifikasına sahip olmalıdır ve bunu resmi olarak teklifte beyan etmelidir.
Firma, ISO 13485 moleküler malzeme, kit ve medikal ürün geliştirebilme sertifikasına sahip olmalıdır ve bu sertifika resmi olarak teklifte sunulmalıdır.
Firma, ISO 14001 çevre yönetim sistemi sertifikasına sahip olmalıdır ve bu sertifika resmi olarak beyan edilmelidir.
Teklif veren firma, ürünün teslimatı ve kargo işlemlerinden sorumlu olmalıdır.
Tüm nakliye ve teslimat maliyetleri teklif veren firma tarafından karşılanmalıdır.
Teklif veren firma veya bayisi, ürünün veya markanın yetkilisi olduğunu belgelendirmelidir.
Çalışmada kullanılacak malzemeler için gerekli tüm kullanım izinlerine sahip olmalıdır.
Teklif veren firma, teklifini kaşeli ve imzalı olarak sunmak zorundadır.
Firma, projede kullanılacak malzeme ve analiz aşamaları için proje yürütücüsü ile sürekli iletişimde olmalıdır.
Otomatik Pipet Ucu (1000 µl)
100-1000 μl hacimli pipetlere uygun olmalıdır.
1000’lük poşetlerde olmalıdır.
Pipet uçları, kimyasallara ve sıcaklık değişimlerine yüksek dayanıklılık gösterecek şekilde saf polipropilenden üretilmiş olmalıdır.
Ürün, farklı pipet markaları ile tam uyumlu olmalı ve kolayca takılıp çıkarılabilir özellikte olmalıdır.
Pipet uçlarının boyut ve ölçüleri, farklı pipet modelleri ile optimum uyum sağlayacak şekilde tasarlanmış olmalıdır.
Pipet uçları, hassas ve tekrarlanabilir sıvı transferini garanti eden mükemmel bir boşaltma uç yapısına sahip olmalıdır.
İnce duvar yapısı ve minimal kaplama alanı sayesinde pipet uçlarında sıvı birikimi veya damla oluşumu olmamalıdır.
Pipet uçları, sıvının uç kısmında birikmesini engelleyen tasarıma sahip olmalıdır.
Pipet uçları, yüksek kaliteli saf polipropilenden imal edilmelidir.
Kimyasal dayanıklılığı ve termal stabilitesi yüksek olmalı, laboratuvar ortamında yaygın olarak kullanılan kimyasal maddelere karşı dayanıklılık göstermelidir.
Sıcaklık değişimlerinden etkilenmeyerek, performansını muhafaza etmelidir.
Pipet uçları, ISO 8655 veya eşdeğer kalite standartlarına uygun olmalıdır.
Ürün, uluslararası geçerliliği olan test sertifikaları ile birlikte sunulmalıdır.
Pipet uçları, steril veya steril edilebilir şekilde sunulmalıdır.
Ambalaj, kolay kullanım ve güvenli saklama imkânı sağlayacak şekilde tasarlanmalıdır.
Ürün ve malzemeler ile varsa hizmet kalemlerinde firmalar ihalenin tüm aşamalarını yapacak şekilde fiyat vermesi gerekmektedir.
Teklif veren firma veya bayisi, ISO 9001 kalite yönetim sistemi sertifikasına sahip olmalıdır ve bunu resmi olarak teklifte beyan etmelidir.
Firma, ISO 13485 moleküler malzeme, kit ve medikal ürün geliştirebilme sertifikasına sahip olmalıdır ve bu sertifika resmi olarak teklifte sunulmalıdır.
Firma, ISO 14001 çevre yönetim sistemi sertifikasına sahip olmalıdır ve bu sertifika resmi olarak beyan edilmelidir.
Teklif veren firma, ürünün teslimatı ve kargo işlemlerinden sorumlu olmalıdır.
Tüm nakliye ve teslimat maliyetleri teklif veren firma tarafından karşılanmalıdır.
Teklif veren firma veya bayisi, ürünün veya markanın yetkilisi olduğunu belgelendirmelidir.
Çalışmada kullanılacak malzemeler için gerekli tüm kullanım izinlerine sahip olmalıdır.
Teklif veren firma, teklifini kaşeli ve imzalı olarak sunmak zorundadır.
Firma, projede kullanılacak malzeme ve analiz aşamaları için proje yürütücüsü ile sürekli iletişimde olmalıdır.
Santrfüj tüpü 2,0 ml
Ürünler Avrupa üretimli CE’li ve üretici firmanın IVD sertifikası olmalıdır.
Tüpler dnase rnase pyrogen içermeyen özellikte olmalıdır ve belgelendirebilinmelidir. Ürünler üzerinde bu özelliğini üretici firma tarafından basılı etiketler ile gösterilmelidir.
Ürün 30000RPM ve en az 20000xg kuvvete dayanıklı olmalıdır.
Kapağı kaynatma, dondurma ve otoklavlama esnasında kolay açılmamalıdır. 6. Üzerine yazı yazılacak alan olmalıdır.
Taksimatlı olmalıdır.
Otoklavlanmalıdır.
Tüpler %100 virgin polypropylenden üretilmiş olmalıdır.
Kapakları kenarları yuvarlatılmış olmalıdır.
Tüm maddeler katalog üzerinden gösterilerek, ürünün uygunluğu verilmelidir.
Numune verilerek tüpler laboratuvarımızca denenmelidir, uygunluk verilen ürünler teklif edilmelidir.
Mikrobiyata Analizi
Yapılacak analiz insan kaynaklı biyolojik örneklerden (gaita, ağız, deri vb.) elde edilen mikrobiyal DNA’nın analizini içermelidir.
Teklif edilen hizmet, 16S rRNA gen bölgesi hedefli yeni nesil dizileme (Next Generation Sequencing, NGS) yöntemi ile gerçekleştirilmelidir.
Analiz V3-V4 veya V4 bölgesine özgü primerler kullanılarak yapılmalıdır ve bu durum firma tarafından açıkça belirtilmelidir.
DNA izolasyonu sırasında kullanılan kitlerin üretici firma adı ve katalog numaraları belirtilmelidir.
Analiz kapsamında DNA izolasyonu, kütüphane hazırlama, dizileme ve biyoinformatik analiz işlemleri yer almalıdır.
Dizileme platformu olarak Illumina MiSeq veya eşdeğeri kullanılmalıdır. Kullanılan platform teklif dosyasında belirtilmelidir.
Dizileme sonucu en az 100.000 okuma (read) verisi sağlanmalıdır.
Ham veri (FASTQ formatında) ve analiz sonuçları (alfa çeşitliliği, beta çeşitliliği, taksonomik bolluk, heatmap, PCA/PcoA gibi analizlerle birlikte) kullanıcıya teslim edilmelidir.
Kullanılan referans veritabanı (örneğin SILVA, Greengenes, RDP vb.) açıkça belirtilmelidir.
Analiz çıktıları hem ham veri hem de raporlanmış analiz dosyaları şeklinde elektronik ortamda teslim edilmelidir.
Firma, analiz süreci boyunca proje yürütücüsü ile iletişim içinde olmalı ve gerektiğinde analiz aşamalarını detaylandırmalıdır.
Firma, talep edilmesi durumunda analiz ile ilgili çevrim içi veya yüz yüze teknik destek sağlamalıdır.
Sunulan hizmet yalnızca araştırma amaçlı kullanılabilir olmalı; klinik/diagnostik amaçlı analiz içermemelidir.
Teklif veren firma ISO 9001 ve mümkünse ISO 13485 kalite belgelerini teklifle birlikte sunmalıdır.
Numune transferi ve analiz sonrası veri teslimi sürecine ait tüm kargo/lojistik giderleri firmaya ait olmalıdır.
Teklif edilen hizmet laboratuvarımızda daha önce kullanılmış ve olumlu sonuç alınmış ise bu durum tercih sebebi olacaktır.
Teklif veren firma hizmet alımına başlamadan önce bir örnek üzerinde deneme analizi gerçekleştirmeli ve proje yürütücüsüne rapor sunmalıdır.
Biyoinformatik Analiz
Teklif edilen hizmet, moleküler biyoloji, genetik, mikrobiyom, transkriptom, genom, epigenom gibi veri setlerine yönelik biyoinformatik analizleri kapsamalıdır.
Hizmet kapsamında analiz yapılacak veri tipi (örn. FASTQ, BAM, VCF, GTF, TXT vb.) firma tarafından açıkça belirtilmeli ve analiz süreci bu verilere uygun şekilde yapılandırılmalıdır.
Firma, analiz öncesinde proje yürütücüsü ile iletişime geçerek veri seti ve analize ilişkin ayrıntılı teknik bilgi alışverişi yapmalıdır.
Teklif kapsamında veriye özel biyoinformatik analiz süreci tanımlanmalı; her analiz adımı (örn. kalite kontrol, hizalama, normalizasyon, diferansiyel analiz, fonksiyonel anotasyon, görselleştirme vb.) açıkça belirtilmelidir.
Kullanılacak yazılım, algoritma ve veritabanları (örneğin: FastQC, Trimmomatic, STAR, Bowtie2, HISAT2, DESeq2, edgeR, Metaphlan, HUMAnN, SILVA, KEGG, GO vb.) listelenmeli ve analiz raporunda açıkça sunulmalıdır.
Yapılan analiz sonucunda elde edilen tüm görseller, tablolar ve istatistiksel değerlendirmeler proje yürütücüsüne açık ve anlaşılır bir biçimde dijital olarak teslim edilmelidir.
Analiz sonuçları, grafiksel görselleştirmeler (örn. PCA, heatmap, volcano plot, barplot, clustering vs.) ve istatistiksel karşılaştırmalar (p-değeri, FDR, log2FC vb.) içermelidir.
Analiz çıktıları:
Ham veri (işlenmemiş dosyalar)
İşlenmiş veri (istatistiksel anlamlılık belirlenmiş sonuçlar)
Yorumlanabilir rapor (PDF ve/veya Word formatında)
Analize ait tüm komut dosyaları (scriptler) ve metodolojik protokol
formatlarında teslim edilmelidir.
Hizmet kapsamında kullanılan yazılımlar ve veritabanları lisanslı, açık kaynak ya da akademik kullanım için uygun lisanslı olmalıdır.
Firma, analiz süreci boyunca proje yürütücüsü ile sürekli iletişimde kalmalı; gerekli açıklamaları sağlamalıdır.
Firma, talep edilmesi durumunda çevrim içi sunum ya da teknik rapor tanıtımı ile analiz sonuçlarını açıklamalıdır.
Teklif edilen hizmet sadece araştırma amaçlı kullanılmalı, klinik veya tanı amaçlı analiz içermemelidir.
Teklif veren firma, analiz sürecine başlamadan önce örnek bir analiz denemesi gerçekleştirmeli ve proje yürütücüsüne iletmelidir.
Teklif veren firma, hizmet kapsamında oluşacak veri transferi, kargo ve iletişim giderlerinin tamamını karşılamalıdır.
Teklif sunan firma ISO 9001 kalite yönetim sistemi sertifikasına sahip olmalı ve bu belgeyi teklif dosyasında beyan etmelidir.
Teklif sunan firma, analiz sürecinde kullanılan araç ve yöntemler için bilimsel geçerlilik ve akademik yayınlarla desteklenmiş referansları sağlayabilmelidir.
Laboratuvarımızda daha önce hizmet alımı gerçekleştirilmiş ve olumlu sonuç alınmış firmalar tercih sebebidir.
Mikrobiata Analizi
Çalışmanın DNA izolasyon aşaması esnasında canlı olarak çalışma takip edilebilecektir.
İzolasyon için gerekli kitler ve tüm sarf malzeme firmaya aittir.
Çalışmada firmaya verilecek 25mg x 2 numunenin biri ile çalışma bilrikte yapılacak diğeri çalışma sonuna kadar bekletilecektir. Herhangi bir olumsuz durumda diğer doku grubu ile çalışma tekrarlanacaktır ve tüm masraflar firmaya ait olacaktır.
Firma tarafından izolasyonun herhangi bir aşamasına araştırmacıların dahil edilebilmesi ve araştırmacılar tarafından da izolasyonun sağlanabilmesi mümkün kılınmalıdır.
Çalışma 9 adet ve 2 tekerrür DNA izolasyonu için gerçeklidir.
Firmanın izolasyon sonrasında saflık, konsantrasyon ölçümlerini nanospektrofotometre ile ölçümünü gerçekleştirmesi ve bu işlemlerinde canlı izlenebilir halde olması gerekmektedir.
Ürünlerin uygunluğuna laboratuvarımızda denendikten sonra karar verilecektir.
Çalışmanın bütünlüğü için teklif verecek firma tüm kalemlere birden teklif vermelidir.
Teklif veren firma çalışmayan ürünlerin yenisiyle değiştirmelidir.
Teklif veren firma her ürün için bir deneme gerçekleştirecektir.
Teklif veren firma yerinde aplikasyon desteği sağlamalıdır.
Teklif veren firmaların önceden kullanıcıyla iletişime geçmesi gerekmektedir.
Kullanıcı tarafından onaylanmayan ürünler satın alınmayacaktır.
Hizmet alımı süresince tüm meydana gelebilecek kargo gönderimleri ve ödemeleri Türkiye’nin tüm illerinde firma tarafından gönderimleri sağlanmalıdır.
Teklif veren firmalar teknik şartnameyi kaşeleyip imzaladıktan sonra tüm şartları kabul ettiklerini belirtir cümle yazmalıdırlar.
NGS cihazı ile çalışmanın gerçekleştirilmesi araştırmacıların katılımı ile canlı olarak gerçekleştirilecektir.
Toplam genomik DNA'dan hedeflenen amplifikasyon, spesifik rDNA primerleri kullanılarak metabarkodlama kitaplığı yapısı, eşmolar havuzlama, MiSeq yüksek verimli dizileme (Illumina, San Diego, CA, ABD) ve çift uçlu okumalar gerçekleştirilecektir.
Mikrobiata analizi 9 adet ve 2 tekerrür örnek için hizmet alımı şeklinde gerçekleştirilecektir.
Örnekler mikrobiyal kompozisyonun değişmeyeceği standartlarda muhafaza edilmelidir.
İzole gDNA örneklerinin miktarı florometrik olarak Qubit veya Qiaxpert ile ölçülmelidir.
Genomik DNA örneklerinden 16S V3-V4 bölgesi üniversal primerler kullanılarak amplifiye edilmelidir.
Dizileme işlemi yeni nesil dizileme platformu kullanılarak yapılmalıdır.
Kütüphane hazırlanması ve dizileme (Library Preparation + Sequencing) PairedEnd PE 2x150 baz olacak şekilde yapılmalıdır.
Örnek başına en az 30 bin (30K reads/sample) dizi okuması yapılmalıdır.
Okuma sonuçlarının en az %90’nın kalite skoru Q ≥ 30 olmalıdır.
Dizi okumaları sonucunda istenilen bölgenin dizilenememesi durumunda firma yeni primerler tasarlayarak PCR işlemlerini tekrar ederek dizilemeleri tekrar gerçekleştirmek zorundadır.
Biyoinformatik analizler firma tarafında gerçekleştirilmelidir.
Biyoinformatik analizler güvenilirliği yüksek ticari yazılımlar ile yapılmalıdır.
Her bir örneğe ait OTU sınıfları ayrı ayrı .txt/.excel dosyası olarak verilmeli, rarefaction curve, diversity curve ve PCoA plot analizleri yapılmalı ve örneklere ait OTU dağılımlar pie chart grafiği olarak verilmelidir.
Analiz sonuçları rapor halinde sunulmalıdır.
Diğer istenilen analizler için her türlü yardım sağlanmalıdır.
Çalışmanın bütünlüğü için teklif verecek firma tüm kalemlere birden teklif vermelidir.
Teklif veren firma çalışmayan ürünlerin yenisiyle değiştirmelidir.
Teklif veren firma bir ürünün denem çalışmasını yapmayı taahhüt etmiş sayılacaktır.
Teklif veren firma yerinde aplikasyon desteği sağlamalıdır.
Teklif veren firmaların önceden kullanıcıyla iletişime geçmesi gerekmektedir. Kullanıcı tarafından onaylanmayan ürünler satın alınmayacaktır.
Hizmet alımı süresince tüm meydana gelebilecek kargo gönderimleri ve ödemeleri Türkiye’nin tüm illerinde firma tarafından gönderimleri sağlanmalıdır.
Teklif veren firmalar teknik şartnameyi kaşeleyip imzaladıktan sonra tüm şartları kabul ettiklerini belirtir cümle yazmalıdırlar.
